Anadolu 4. Ağır Ceza Mahkemesi’ndeki duruşmaya diğer cürümden hükümlü bulunan sanık Çetin Doğan, Ses ve Manzaralı Bilişim Sistemi (SEGBİS) aracılığıyla bağlandı. Duruşmada tutuksuz sanıklar İhsan Balabanlı, Behzat Balta, Mehmet Kaya Varol, Erdal Akyazan ile Emin Küçükkılıç ve avukatları hazır bulundu. Karar öncesinde son kelamları sorulan sanıklar beraatlarını talep etti.
Mahkeme, sanıkların seminer çalışmasında idarenin devralınması, iktidar partisine mensup belediye liderleri, siyasetçiler ve bir kısım yöneticilerin tutuklanacağına yönelik konuşma içerikleri ve evrakların bulunduğunu söz ettikten sonra kararını açıkladı. Mahkeme heyeti sanıklar hakkında ‘suç için anlaşmak’ kabahatinden emekli Orgeneral Çetin Doğan’a 6 yıl 8 ay, emekli Tümgeneral Behzat Balta’ya 5 yıl 10 ay, emekli Tuğgeneral Mehmet Kaya Varol’a 5 yıl 5 ay, emekli Tümgeneral İhsan Balabanlı’ya 5 yıl 5 ay, emekli Kurmay Albay Erdal Akyazan’a 5 yıl, emekli Kurmay Albay Emin Küçükkılıç’a 5 yıl mahpus cezası verilmesine hükmetti. Mahkeme ayrıyeten emekli Korgeneral Metin Yavuz Yalçın’ın vefat etmesi nedeniyle hakkında açılan kamu davasının düşmesine karar verdi.
Karara bir üye hakim şerh koydu. Üye hakim şerh münasebetinde, “Suç için anlaşmak kabahatinin ögelerinin oluşmadığı, hatada ve cezada yasallık üniversal unsuru uyarınca, olay tarihi itibariyle yürürlükte olan mevzuat kararlarına nazaran kabahatin ögelerinin her iki kanundaki düzenlemeler nazarında oluşmadığı, sanıkların olay tarihi itibariyle yürürlükte olan iç hizmet kanunu, sıkıyönetim kanunu, sıkıyönetim yönergesi, emasya protokolü ve öbür mevzuat mucibince kelam konusu semineri düzenleyerek ve de seminer kapsamında sıkıyönetim planı dahil yargılamaya bahis sunumları yaparak vazifelerinin gereğini yerine getirmiş oldukları kanaatinde olduğumdan ve de dava vakit aşımı müddetinin sanıkları lehine olduğu kıymetlendirilmesi bulunulmakla birlikte her iki kanun bakımından da dava vakit aşımı müddetleri dolmadığı kanaatinde olduğumdan sayın çoğunluğun mahkumiyet kararına katılmadığıma, Yargıtay bozma ilamına direnilerek, sanıkların üzerlerine atılı kabahatler bakımında yüklenen fiilin kanunda kabahat olarak tanımlanmamış olması nedeniyle beraatlerine karar verilmesi gerektiğine dair, gerekeli karar ile birlikte ayrıltılandırılmak üzere muhalefet şerhimdir” dedi.
Anayasa Mahkemesi’nin ‘Hak ihlali’ kararı vermesinin akabinde yine görülen Balyoz Davası’nda 237 sanık beraat etmişti. Anadolu Cumhuriyet Başsavcılığı verilen beraat kararına 7 sanık istikametinden itiraz etmişti. Başsavcılığın itirazında Çetin Doğan’ın plan seminerinde yaptığı konuşma içeriğinin mahiyeti itibariyle darbe yapmaya yönelik olduğunu, öteki 6 sanığın konuşmalarının da içerik itibariyle sanık Doğan’ın konuşmasıyla misal içerikte olduğu sav edildi. İtiraz üzerine Yargıtay 16. Ceza Dairesi, 7 sanık hakkındaki beraat kararını bozarak belgeyi yine mahallî mahkemeye gönderdi. Yargıtay bozma münasebeti olarak ise sanık aksiyonlarının ‘Teşebbüs evresine ulaşmayan hazırlık hareketleri kapsamında değerlendirileceğini’ gösterdi. Seminer çalışmasındaki konuşma içerikleri, plan seminerinin türel desteği ile icra haline ait kurumsal dokümanları dikkate alan Yargıtay, sanıkların fikir birliği içerisinde gerçekleşen aksiyonlarının “Suç için anlaşma” cürmünü oluşturduğuna kanaat getirmişti.